Desde 1998, quando houve mudanças no PIS e na Cofins, afetando tanto a base de cálculo quanto a alíquota, seguida da entrada em vigor do PIS não cumulativo (Dez./2002) e da Cofins não cumulativa (Fev./2004), nenhuma grande mudança tão relevante e abrangente ocorreu no cálculo dessas contribuições. Porém, a forma de apurar o PIS e a Cofins, que até novembro de 2002 era relativamente simples, passou a ser quase tão complexa quanto a apuração do ICMS.
          Diferentemente do ICMS, não há um regulamento do PIS e da Cofins visando consolidar toda a legislação relativa ao tema. Para se calcular o PIS e a Cofins, é preciso compreender e estar a par de um emaranhado de atos legais. Essa dificuldade pela qual passam as empresas na hora de apurar os tributos, associada a uma eficiência fiscalizadora cada vez maior por parte da Receita Federal, faz com que as empresas tendam a ser excessivamente conservadoras e optem, quando há dúvida, por recolher valores acima do que é realmente devido aos cofres públicos.
          Um exemplo disso são as Soluções de Consulta, que, muitas vezes, vêm esclarecer, a favor dos contribuintes, assuntos relacionados com o tema disposto em legislação publicada anteriormente. Embora abranjam apenas as Regiões Fiscais envolvidas, essas Soluções de Consulta servem de parâmetro para as demais. Nesses casos, mediante uma resposta favorável, empresas que haviam recolhido a maior quantia podem vir a recuperar créditos. Porém, nem todas estão atentas para essa possibilidade.
          Alguns exemplos: 
          1) Exclusão na base de cálculo: Leis: Art. 3º – Lei nº 9.718/98 (modalidade cumulativa) e o art. 1º das Leis nº 10.637/2002 e nº 10.833/2003 (modalidade não cumulativa), que preveem as exclusões da base de cálculo para a apuração do PIS e da Cofins, dentre elas, as vendas canceladas e os descontos incondicionais.
          Soluções de Consulta: 77/2006 – Caracteriza como desconto incondicional, portanto passível de dedução da base de cálculo, as bonificações concedidas em mercadorias (desde que constem em nota fiscal de venda das mercadorias e não dependam de evento posterior à emissão). Ou seja, mesmo o item não estando de forma específica na lei, baseada nessa Solução de Consulta, a empresa pode gerar uma economia de até 9,25% sobre o valor do desconto.
          2) Créditos – PIS e Cofins não cumulativos: Leis: Art. 3º da Lei nº 10.637/2002 e Lei nº 10.833/2003, que dispõem sobre a possibilidade do desconto de créditos, dentre eles, dos bens adquiridos para revenda e dos bens e serviços utilizados como insumos na prestação de serviços e na produção ou fabricação de bens destinados à venda.
          Soluções de Consulta: 234/2007 – Estabelece que o frete incidente na compra de bens para revenda ou utilizados como insumo na produção ou fabricação de bens destinados à venda integra o custo de aquisição, portanto se caracteriza como crédito. Da mesma forma, verifica-se que a lei não dá clareza quanto ao aproveitamento do crédito do frete sobre compras. Somente com a Solução de Consulta é possível ter certeza sobre a possibilidade.
           Vale lembrar que, além de ganhos futuros, a empresa também pode recuperar os créditos não utilizados em períodos anteriores.